La causa della malattia è sconosciuta. Sono state fatte numerose ipotesi, anche se non sempre hanno mostrato pareri univoci, le riassumiamo qui di seguito schematicamente:

Teoria dell’impianto per mestruazione retrograda:
Vi sono 2 presupposti che spiegano questa teoria:

che il sangue mestruale contiene delle cellule endometriali in grado, una volta  
giunte in cavità peritoneale, di impiantarsi e proliferare.

che vi sia un’alterata contrattilità uterina che porta al flusso retrogrado cioè dalla
cavità uterina verso le tube e quindi poi nella pelvi. Questa teoria potrebbe
spiegare quindi la più frequente localizzazione della malattia a livello ovario, dei
legamenti utero sacrali e del peritoneo pelvico.

Teoria metastatica vascolare o linfatica: alcune localizzazioni a distanza come quelle a livello polmonare o pleurico verrebbero spiegate dal trasporto metastatico di cellule endometriali attraverso il sangue arterioso, venoso o il circolo linfatico.

Teoria della disseminazione chirurgica: utilizzata per spiegare la localizzazione dell’endometriosi a livello di cicatrici laparotomiche.

Teoria metaplasica: i tessuti normali della cavità addominale derivanti dall’epitelio celomatico embrionario, in seguito a stimoli ormonali, irritativi, tossici, infettivi andrebbero incontro, secondo questa teoria, a differenziazione in senso endometriale. Ciò spiegherebbe le localizzazioni a livello del setto retto vaginale.

Teoria embrionaria: l’endometrio ectopico deriverebbe da residui cellulari dei tessuti che danno origine agli organi genitali durante lo sviluppo embrionario.

Teoria della disseminazione diretta: il tessuto endometriale dalla cavità uterina migrerebbe attraverso la parete muscolare uterina. Questa teoria è in grado di spiegare la patogenesi dell’adenomiosi.

Teoria sulla correlazione tra questa malattia e l'inquinamento ambientale, prodotto dalle lavorazioni industriali, o dai pesticidi.