La difficoltà diagnostica sta nel fatto che, spesso la sede dei disturbi è ben lontana dall’apparato ginecologico e i sintomi vengono scambiati per una serie di altre possibili patologie.
Per questo è importante affidarsi ad un ginecologo che abbia molta esperienza in endometriosi, poichè questa specifica competenza gli consente di valutare correttamente tutti i dati a sua disposizione,  e di giungere ad una diagnosi esatta in tempi brevi.

L’unico accertamento diagnostico che permette di stabilire con certezza la presenza della patologia è la laparoscopia (intervento endoscopico chirurgico), che è effettuata in anestesia totale. Permette di diagnosticare l’endometriosi, valutarne la gravità ed eventualmente intervenire.

Tuttavia sono utili come ausilio diagnostico:

-         La visita ginecologica;

-         l'ecografia transvaginale,

-         la risonanza magnetica nucleare,

-   il dosaggio sierico CA125

-         in presenza di sintomi intestinali: il clisma opaco e/o rettocolonscopia (sono di ausilio nella valutazione dell’ endometriosi del setto retto vaginale e nel sospetto di localizzazioni a livello del sigma-retto)

-         in presenza di sintomi urinari: la cistoscopia, l’ecografia addominale

-         utili per valutare un possibile coinvolgimento ureterale: urografia endovenosa e/o ecografia renale